Die Organisation und Trägerschaft des Karstwanderwegs sind auf mehrere Schultern verteilt. Im Kreis Osterode ist es die Kreisverwaltung als Träger mitsamt der Unterhaltungspflicht für Weg und Beschilderung nebst Haftung. Veranstaltungen, Qualitätsmanagement, das Marketing, z.T. die Unterhaltung und den Betrieb hat der Förderverein Deutsches Gipsmuseum und Karstwanderweg e.V. übernommen und bietet die Sonntagswanderungen, auch in Kooperation mit den Erwachsenenbildungseinrichtungen, an. Ähnlich sind in den Kreisen Nordhausen und Mansfeld-Südharz die Kreisverwaltungen Träger des Weges, die ihn in den 90ger Jahren eingerichtet hatten.
Ähnlich Osterode sorgt im Kreis Mansfeld-Südharz der Verein Südharzer Karstlandschaft e.V. für den Betrieb zusammen mit dem Biosphärenreservat.
In Thüringen wirkt der Förderverein Karstwanderweg Nordhausen e.V., zudem besteht hier eine erfolgreiche Kooperation mit der Lift gGmbH.
Koordinationsebene für alle Maßnahmen und Planungen ist die überregionale Arbeitsgemeinschaft Karstwanderweg „Drei Länder - Ein Weg“.