Von wem die Windhäuser Burg einst gebaut wurde, ist unbekannt. Sie diente der in Sichtweite vorhandenen Stauffenburg und der Hindenburg bei Badenhausen zur Sicherung der Handelswege am Fuße des Westharzes.

1234 wurde die Burg erstmals nachweislich erwähnt. Herzog Albrecht der Große von Braunschweig (1252-1267) hatte Teile von Osterode übernommen. Ein Familienzweig übernahm die Burg Windhausen. Die Burg lag im Bereich Gittelde, Grund, Badenhausen und Eisdorf im Braunschweigischen Eigentum. 1286 fiel die Burg im Zuge der Landesteilung an die Göttinger Linie; Osterode gehörte den Grubenhagenern. 1331 wurde als Besitzer Conrad von Windhausen beurkundet. 1365 geht Windhausen an den Erzbischof von Mainz. In einer Fehde zwischen Herzog Albrecht von Braunschweig-Grubenhagen und dem Landgrafen wurde die Burg nach einer Belagerung 1365 zerstört. Später wurde sie wieder aufgebaut. 220 Jahre, ab 1642, befand sich der Gutsbesitz in den Händen „derer von Koch“.

Nach dem Tod von Fritz von Koch erwarb die Gemeinde Windhausen das Rittergut. Die Gemeinde kaufte den 11 Morgen großen Garten und das Burgruinengelände. Es ist nicht nur Denkmalgeschützt, sondern auch als Naturschutzgebiet ausgewiesen. Mitten im Ort gelegen ist es ein hervorragendes Naherholungsgebiet, auf das die Windhäuser stolz sein können. Einige Schritte weiter ist eine Wiese wegen des Vorkommens von Wildtulpen als Naturdenkmal geschützt. Die Tulpen entfalten jährlich im April ihre gelben Blüten.

Ein Besuch des Burgbergs lohnt aber auch wegen verschiedener Naturbesonderheiten. So findet sich im artenreichen Baumbestand eine mächtige, nach ihren roten Blättern benannte Blutbuche. Botanisch handelt es sich um eine Rotbuche, auf deren Sämling ein Zweig einer rotblättrigen Mutante gepfropft wurde. Die Blutbuche zeigt dies sehr eindrucksvoll an der scharfen Grenze zwischen rissiger und glatter Rinde.