Nach der Ablagerung der mächtigen Fluss-Schotter der Niederterrassen am Ende der letzten Eiszeit begann am Südharz die Entstehung der meisten noch heute sichtbaren Erdfälle.

Der Jues-See verdankt seine Entstehung der Existenz zweier großer Erdfälle, die ursprünglich ein Gesamtvolumen von 700.000 m³ aufwiesen. Der große Erdfall hat heute ein Volumen von 523.000 m³ bei einer maximalen Wassertiefe von 28,5 m, der kleinere Erdfall weist ein Volumen von 18.200 m³ bei einer maximalen Tiefe von 6,5 m auf. Beide Erdfälle sind durch den Wasserspiegel miteinander verbunden.

Am Ostufer fließt der Eichelbach in den Kleinen Jues-See ein. Am Nordwestufer des Großen Jues-See befindet sich der Abfluss; er ist durch ein Wehr regulierbar. Im Bereich des Unterlaufes des Eichelbaches und des Stadtgebietes von Herzberg sind weitere Erdfälle bekannt. Die ständig fortschreitende Auslaugung des Werraanhydrites im Untergrund führt auch heute noch zu Erdfällen in dieser Gegend. Auch der Boden des Jues-See ist senkungsaktiv.

Die Sedimente des Jues-Sees stellen aufgrund der Geschichte und Lage dieses Erdfallkomplexes ein wertvolles Bio- und Geo-Archiv der Südharzer Geschichte seit der letzten Eiszeit dar.