Die Kirche wurde auf Befehl des Preußenkönigs Friedrich dem Großen erbaut und 1752 geweiht. Der Schlussstein trägt die Initialen von Friedericus Rex.
Die St. Johannis-Kirche hat einen eigenwilligen Grundriss.
In der Mitte des 20. Jahrhunderts war sie wegen erheblicher Bauschäden für längere Zeit geschlossen und nicht als Kirche nutzbar.
Seit etwa 1980 wird sie wieder als Versammlungsort der Kirchengemeinde genutzt.
In Woffleben gilt das evangelisch-unierte (preußische) Bekenntnis.