Der Schacht wurde anfangs unter der Bezeichnung Schacht Sangerhausen geteuft. Diesen Namen erhielt er auch wieder nach 1990. Von 1950 bis 1990 trug er den Namen von Thomas Münzer, einem Zeitgenossen Luthers und Anführers der aufständischen Bauern und Bergleute im Deutschen Bauernkrieg (1524 - 1526). Die Namensgebung erfolgte anlässlich der 750-Jahrfeier des Mansfelder Kupferschieferbergbaus am 03.09.1950.

Die Teufarbeiten am Schacht begannen 1944, erreichten eine Teufe von 52 m und wurden gegen Endes des 2. Weltkrieges eingestellt. Die Wiederaufnahme der Teufarbeiten erfolgte im Juni 1947.

Parallel zu diesen Aktivitäten wurde der Röhrigschacht in Wettelrode, das heutige Bergbaumuseum, aufgewältigt und für die Nutzung als Wetter- und Fluchtschacht für den Thomas-Münzer-Schacht hergerichtet. Gleichzeitig erfolgte von dort aus über die 1. Sohle die Auffahrung einer Streckenverbindung in Richtung Sangerhausen.

Der Thomas-Münzer-Schacht erreichte 1949 das Kupferschieferflöz im Niveau der 5. Sohle (455 m Teufe bzw. 269 m unter NN). Von 1950 bis 1953 wurde der Schacht bis 686 m bzw. -500 m NN vertieft. Er hatte bis dorthin folgendes geologisches Profil angetroffen:

bis 299 m Teufe	Buntsandstein (Zuflüsse bis 1 m³/min)
bis 462 m Teufe	Zechstein (ohne Steinsalz, Kupferschiefer im Niveau 5. Sohle)
bis 470 m Teufe	Oberes Rotliegendes (Porphyrkonglomerat)
bis 686 m Teufe	Oberkarbon (Mansfelder Schichten)

Das Bergematerial aus dem Teufbetrieb, den Streckenauffahrungen und der ersten Zeit des Abbaus wurde zunächst an der Nordseite des Schachtgeländes am Hang des Brühltales verstürzt. Ab 1955 ging dann die Halde auf dem nördlich über dem Brühltal liegenden Höhenrücken „Hohe Linde" in Betrieb. Hier wurden, vom Schacht per Seilbahn und Höhenförderanlage angeliefert, bis 1990 auf 12,6 ha Fläche ca. 15 Mill. t Gestein bis 145 m über Gelände aufgeschüttet.

Der Schacht förderte aus der 5. Sohle (455 m Teufe) und der 7. Sohle (656 m Teufe). Infolge der weiteren Erkundung der Vererzung des Kupferschiefers verlagerte sich der Abbauschwerpunkt allmählich, so dass es sich als sinnvoll erwies, in der 6. Sohle (573 m Teufe bzw. 387 m unter NN) ein weiteres Füllort anzulegen. Dies geschah 1969. Das Füllort 7. Sohle wurde nur noch zur Fahrung genutzt und seit 1974 über einen Personenaufzug von der 6. Sohle aus erreicht.

Der Abbau des Kupferschiefers vom T.-Münzer-Schacht aus begann 1951 im sog. Nordfeld und weitete sich über Westfeld, Südfeld und Ostfeld aus. Insgesamt wurden bis zum 10.08.1990 16,6 km² Flözfläche abgebaut. Die größte Teufe wurde in der 9. Sohle (579 m unter NN) erreicht. Die 10. bis 13. Sohle befanden sich infolge der tektonischen Verhältnisse in geringerer Tiefe.

Flucht- und Wetterverbindung bestand über das Nordfeld zum Röhrigschacht in Wettelrode (1. Sohle 24 m über NN), und seit 1961 über das Südfeld zum B.-Koenen-Schacht 1 (8. Sohle 555 m unter NN). Für das Westfeld wurden als Flucht- und Wetterverbindung 1969 bis 1975 die gebohrten Schächte Brücken 1 und 2 bis zur 6. Sohle (369 m unter NN) niedergebracht.

Der Schacht war infolge der Lage des Grubenfeldes am Ausstrich des Kupferschiefers und mit weiten Teilen im steinsalzfreien Bereich stark hydrogeologisch gefährdet. Dies zeigte sich in der mit der zunehmenden Abbaufläche steigenden Menge der zusitzenden Wässer. Der Höhepunkt wurde 1988 mit einem Jahresdurchschnitt von 17,5 m³/min gefördertem Salzwasser erreicht. Diese Zuflussmengen ließen sich nicht über die Vorfluter ableiten, so dass 1983 eine Salzwasserfernleitung von ca. 20 km Länge in das Grubenfeld der Mansfelder Mulde gelegt und bis 1989 auf 21 m³ pro min Förderkapazität erweitert wurde. Trotzdem musste 1988 das Westfeld und 1989 das Ostfeld durch Dämme abgeriegelt und das Südfeld wegen Überflutung aufgegeben werden.

1992 wurde die Hauptwasserhaltung eingestellt, das Grubenfeld geflutet und der Thomas-Münzer-Schacht sowie die Schächte Brücken 1 und 2 verfüllt.

1991 wurde im Röhrig-Schacht in der 1. Sohle der untertägige Teil des Bergbaumuseums für den Kupferschieferbergbau eröffnet.