Der Hackenbach ist das bedeutendste Gewässer im Naturschutzgebiet. Von Osterode kommend durchfließt er linksseitig der Landesstraße das Gebiet in Richtung Schwiegershausen. Die Kurhannoversche Landesaufnahme von 1785 zeigt die Quelle des Hackenbachs am Westrand des Beiersteins. Als Gewässer von Osterode fließend ist er in der Preußischen Landesaufnahme von 1878 eingezeichnet. Zum Ende des 19. Jahrhunderts im Verkopplungsverfahren Schwiegershausen wurde er weitgehend begradigt. Seitdem hatte das Gewässer sich in einigen Abschnitten bis zu 2 m unter Böschungsoberkante eingetieft. Anliegende Flächen wurden dadurch teilweise entwässert. Der tiefgreifende Wandel in der Landwirtschaft etwa ab Mitte des 20. Jahrhunderts mit zunehmender Mechanisierung führte dazu, dass ein Großteil der Flächen beidseitig des Hackenbachs von Grünland in Acker umgebrochen wurde. Der Landkreis Osterode am Harz hat nach Erwerb sämtlicher Flächen entlang des Hackenbachs im Jahre 1999 einen neuartigen Weg der Gewässerrenaturierung praktiziert. Das Bachbett wurde nicht wie vielfach üblich ausgebaggert und vorprofiliert, sondern auf einer Länge von mehr als 1 km teilweise oder ganz mit Boden verfüllt. Das Gewässer sucht sich dadurch eigenständig seinen neuen Lauf. Durch die Renaturierung steigt der Grundwasserspiegel und die angrenzenden Flächen vernässen. Die landwirtschaftliche Nutzbarkeit dieser Flächen ist zwar teilweise eingeschränkt, die Größe und der Wert des Feuchtbiotops aber sind deutlich verbessert.
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